Το πρόγραμμα του Εγνατία fm 106,5 είναι αποτέλεσμα της δημιουργικής προσπάθειας των συντελεστών του, με στόχο την κάλυψη των πραγματικών αναγκών του ακροατηρίου της Θεσσαλονίκης και της Κεντρικής Μακεδονίας.


Το πρόγραμμα του Εγνατία fm 106,5 χωρίζεται σε τρεις ζώνες:

Η πρώτη από τις 8 το πρωί ως τις 4 το απόγευμα περιλαμβάνει τις ενημερωτικές εκπομπές και τα δελτία ειδήσεων, ενώ τα τραγούδια στις μουσικές εκπομπές αυτής της ζώνης είναι αποκλειστικά ελληνικές, σύγχρονες επιτυχίες, κυρίως σε υψηλούς ρυθμούς.

Η δεύτερη ζώνη από τις 4 το απόγευμα έως τα μεσάνυχτα περιλαμβάνει δύο δελτία ειδήσεων και μουσικές εκπομπές με μεικτό πρόγραμμα κυρίως ελληνικών & λίγων επιλεγμένων διεθνών επιτυχιών.

Στην τρίτη ζώνη, από τα μεσάνυχτα μέχρι τις 8 το πρωί παραμένουν τα ελληνικά ρυθμικά και μελωδικά τραγούδια ενώ προστίθενται επιλεγμένες σύγχρονες λαϊκές επιτυχίες.


Οι ενημερωτικές εκπομπές που μεταδίδονται αυτή τη στιγμή:
 

• Διαδρομές στην Εγνατία: Καθημερινή ζωντανή εκπομπή με άποψη και αντικειμενική κρίση, που μεταδίδεται από Δευτέρα έως Παρασκευή 08:00-09:00 με ειδήσεις, σχόλια και ανάδειξη αποκλειστικών θεμάτων.
Επιμελείται και παρουσιάζει ο Δημήτρης Καψάλας.


• Κεντρικός Οδικός Άξονας: Καθημερινή ζωντανή ενημερωτική εκπομπή που μεταδίδεται από Δευτέρα έως Παρασκευή 15:00-16:00 με καυτά σχόλια, αναλυτικά ρεπορτάζ, συνεντεύξεις για όλα όσα απασχολούν την επικαιρότητα.
Επιμελείται και παρουσιάζει η Δώρα Μάνιου.


• Το Μαχαίρι του Βρούτου: Ζωντανή καυστική εκπομπή που μεταδίδεται κάθε Δευτέρα και Τετάρτη από τις 14:00 έως τις 15:00 με σχόλια πάνω στην πολιτική επικαιρότητα.


• Σύντομα δελτία Ειδήσεων: Δελτία ειδήσεων από την τοπική επικαιρότητα διάρκειας 3 λεπτών στις 09:57 – 10:57 – 11:57 – 12:57 - 13:57 - 16:57 - 17:57

Επιμελούνται και παρουσιάζουν οι Χρήστος Τσαλικίδης και Χρύσα Κυριακού.